| Дирекция |
| Ученый совет |
| Специализированный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций |
| Отдел по подготовке специалистов в области психиатрии (отдел ординатуры и аспирантуры) |
| Фонд директора |
| Институт психиатрии детей и подростков | |
| Отдел по изучению психической патологии дошкольного возраста | Отдел психиатрии детского возраста |
| Отдел психиатрии подросткового возраста | |
| Клиника НЦПЗ | |
| Администрация клиники | |
| Отделение №1 | Отделение №2 |
| Отделение №3 | Отделение №4 |
| Отделение №5 | Отделение №6 |
| Отделение №7 | Отделение №8 |
| Поликлиническое отделение | Отделение физиотерапии |
| Приемное отделение | Кабинет функциональной диагностики |
| Клинико-биохимическая лаборатория | Отделение анестезиологии и реанимации |
| Отделение реабилитации | Отделение лучевых и компьютерно-томографических исследований |
| Центральная стерилизационная | Стоматологический кабинет |
| Аптека | |
| Научно-вспомогательные подразделения | |
| Музей истории НЦПЗ | Научная библиотека |
| Административно-хозяйственные подразделения | |
| Отдел кадров | Бухгалтерия |
| Канцелярия | Планово-экономический отдел |
| Штаб гражданской обороны | Инженерно-техническая служба |