Существующая с 1982 года при ФГБНУ НЦПЗ Клиника (главный врач заслуженный врач РФ, к.м.н. О.С.Румянцева), является ведущим лечебно-диагностическим психиатрическим учреждением Российской Федерации и клинической базой для проведения клинических и биологических исследований, осуществляемых в соответствии с тематическим планом Центра. Клиника размещается в специально построенном по индивидуальному проекту здании, в котором созданы все условия для диагностики, лечения и реабилитации больных психиатрического профиля. Лечебный процесс в Клинике осуществляется с непосредственным участием научных сотрудников Центра, под руководством которых осуществляется диагностика и определяется терапевтическая тактика ведения больных. В клинике получают лечение наиболее трудные в диагностическом и терапевтическом отношении больные психиатрического профиля, которые госпитализируются по направлениям Министерства здравоохранения РФ, Министерство науки и высшего образования, РАН, региональных департаментов здравоохранения, психоневрологических диспансеров, психиатрических больниц. В Клинику часто обращаются пациенты из стран ближнего и дальнего зарубежья.
В отделениях Клиники оказывается помощь пациентам с различной психической патологией в рамках пограничных состояний, эндогенных психозов и аффективных расстройств, а также сосудисто-органических заболеваний головного мозга. Имеются специализированные отделения для больных детско-подросткового, юношеского и позднего возраста, для острых психотических больных, а также отделения санаторного типа. Каждое клиническое отделение имеет 3-х и 4-местные палаты, палату усиленного наблюдения за тяжелыми больными, а также блоки, состоящие из одно- и двухместных палат. В каждом отделении имеются телевизоры, музыкальные центры и бесплатные телефоны для пациентов. Клиника оснащена современной аппаратурой, включая компьютерный и ЯМР томографы. В диагностических и лечебных целях применяются последние достижения и методы современной медицинской науки. Для пациентов клиники работает библиотека. Больные имеют возможность посещать богослужения в больничном храме.