Исследование патогенеза эндогенной депрессии базируется прежде всего на достижениях психофармакологии, и все новые идеи в этом направлении возникали после появления принципиально новых антидепрессантов или методов терапии депрессии. Такое положение обусловлено чрезвычайной сложностью устройства и функционирования ЦНС, невозможностью на современном уровне знаний непосредственно регистрировать тонкие изменения, происходящие в отдельных участках нервной системы больного и тем более на уровне отдельного синапса, а также отсутствием адекватных экспериментальных моделей, поскольку аналогии между поведением животных и психическими нарушениями у человека; весьма ненадежны.

Более того, даже данные, полученные при исследовании психически здоровых людей, не могут быть непосредственно перенесены на психически больных. Знание фармакологических эффектов и механизма действия лекарственных средств помогает понять, на какие именно процессы они влияют, и подойти к пониманию патогенеза заболевания. Следует также учесть, что вне зависимости от того, на каком уровне произошла первичная поломка, приведшая к возникновению заболевания, в патологический процесс вовлекаются сложные взаимодействующие системы и поэтому попытки связать психоз с поражением какого-то определенного участка мозга или нарушением одной биохимической системы представляются в настоящее время наивными.