Научная  библиотека ФГБНУ НЦПЗ создавалась с 1945 года в Институте психиатрии АМН СССР. Основу фонда составили книги-дубликаты из библиотеки кафедры психиатрии 2-го медицинского института и библиотеки больницы им. З.П.Соловьева, где базировался наш институт. В научной библиотеке собраны ценные книги из личных собраний литературы  таких выдающихся отечественных психиатров, бывших в разные годы  сотрудниками центра, как академик АМН СССР первый директор Института психиатрии АМН СССР В.А. Гиляровский, академик РАМН директор НЦПЗ РАМН А.В.Снежневский, профессор Э.Я. Штернберг (крупный евро¬пейский психиатр, иммигрировавший перед  Второй мировой войной в нашу страну из фашистской Германии),  академик РАМН директор НЦПЗ РАМН М.Е.Вартанян, видный организатор отечественной медицины профессор Э.А.Бабаян.  Эти фонды были оформлены как  исторические «именные» библиотеки. В последние годы большой бескорыстный вклад по пополнению фондов научной библиотеки вносит профессор Д.Д.Орловская.
Уникальный фонд, специализированной в области психического здоровья библиотеки, насчитывает более 90 тысяч экземпляров (научные книги, диссертации, авторефераты, отечественные и зарубежные журналы  по психиатрии, психологии, биологической психиатрии  и нейронаукам), содержит собрание редких отечественных и  зарубежных книг, профильных отечественных и зарубежных периодических изданий  конца ХIХ-начала ХХ веков.
На момент проверки в библиотеке выписано 22 наименования отечественной профильной периодической печати и 6 наименований иностранных журналов с on-line доступом.
В настоящее время площадь библиотеки составляет 112 кв.м., в том числе книгохранилище, 5 рабочих мест и читальный зал.
К настоящему времени в библиотеке насчитывается 5 автоматизированных рабочих мест, оснащенных выходом в Интернет. Имеются ксерокс, сканер, принтеры. 
С 2002 года началось внедрение программных средств автоматизации в библиотеку: в НПО «Информ-система» была приобретена Автоматическая Информационно-Библиографическая система (АИБС) «МАРК».  В настоящее время  продолжает  пополняться Электронный каталог, начало которому положено в 2002 году. На сегодняшний день создано 65 900 библиографических записей. Сотрудниками библиотеки ведется регулярная аналитическая роспись статей из 25 отечественных журналов,  6 – зарубежных. Кроме этого расписываются сборники трудов, материалы съездов.  База данных книг составила  более 4400 записей, авторефератов – 2800, диссертаций – 468, методических пособий – 544. Электронный каталог в настоящее время отражает фонд библиотеки только за последние 10 лет, поэтому поиск литературы для читателей требует сочетания традиционных (карточных) и автоматических технологий.
Основную ценность фонда составляют старые книги, поэтому одним из главных приоритетов работы научной библиотеки считаем проведение ретроконверсии: перевода каталогов с бумажных носителей в электронные.  В настоящее время в Электронный каталог введены библиографические записи всех имеющихся в библиотеке диссертаций, авторефератов, методических пособий и все (около 5 тысяч единиц) иностранные книги.
С 2006 году появился доступ в Интернет, что способствовало улучшению качества обслуживания читателей: около 300 читателей из НЦПЗ и других научных учреждений Москвы, а так же Санкт-Петербурга, Томска, Иркутска, Иваново, Владивостока, Улан-Удэ и других городов страны по электронной почте регулярно (6-7 раз в месяц) получают информацию из нашей библиотеки: оглавления поступающих журналов, библиографические списки книг,  авторефератов, методических пособий, о доступах к Интернет-ресурсам, что дало возможность читателям быстро и доступно получать полноценное регулярное индивидуальное библиотечное обслуживание непосредственно на рабочем месте. Заказы читателей на необходимую литературу принимаются по электронной почте, телефону или непосредственно в библиотеке. При выполнении запросов читателей, в случае недостатка или отсутствия информации в собственных ресурсах, сотрудники научной библиотеки обращаются к доступным on-line каталогам других библиотек, связываются с библиотеками  профильных учреждений Москвы.
С 2006 года ежегодно заключается Договор на информационно-библиотечное обслуживание с ВИНИТИ РАН, откуда присылаются необходимые читателям для работы статьи, отсутствующие в нашей библиотеке.
В ноябре 2006 года сотрудниками научной библиотеки была проведена регистрация НЦПЗ в НЭИКОН (Национальный электронно-информационный консорциум – некоммерческое партнерство российских библиотек), что дало возможность для читателей получать бесплатные подписки и пробные доступы  к международным базам данных. В настоящее время  читатели в своей научной работе постоянно пользуются ресурсами компаний Sage Publications, Taylor & Francis, Nature, Science, Annual Review.
В связи с автоматизацией научной библиотеки, доступом в Интернет и рассылкой оглавлений научных журналов, возросла посещаемость научной библиотеки, и значительно увеличилось число читательских запросов